在花药发育和花粉形成方面：裸子植物每雄蕊上的药囊2至多个，被子植物的常4个有时2个；每成熟花粉粒内雄配子除1管细胞和1生殖细胞外，还具有1至几个原叶细胞（营养细胞）或其退化痕迹，被子植物的只有1管细胞和1生殖细胞（或1生殖细胞分裂的2精细胞）；裸子植物的苏铁类和银杏类花粉粒中的精细胞具有鞭毛，被子植物的都没有鞭毛；裸子植物糊粉粒为单沟型，松类的具气囊，被子植物的为单沟型或3沟型，不具气囊。胚珠发育和胚囊形成方面：裸子植物胚珠裸露不被大孢子叶封闭包被，被子植物的被心皮（大孢子叶）或子房壁（1或多个心皮组成）封闭包被；裸子植物胚珠为直生胚珠，被子植物的胚珠除直生的外，还有弯生、横生、倒生和拳卷类型；裸子植物胚珠一般具1层珠被，被子植物的一般具2层珠被；裸子植物有些种类胚珠珠孔下有花粉室，被子植物的胚珠没有花粉室。裸子植物的胚珠内大孢子为单核，发育成多数细胞的雌配子体（相当于被子植物胚囊），有些种类的大孢子发育开始具游离多核期，大多数种类的胚囊具2至多个颈卵器；被子植物的大孢子一般为单核，发育成一般为7个细胞的胚囊（雌配子体），有些种类的大孢子为双核或四核，胚囊不具颈卵器或仅具2助细胞和1卵细胞的卵器。传粉和受精方面：裸子植物的传粉为风媒的异花传粉，被子植物的为自花传粉和昆虫或动物、风媒等多种方式的异花传粉；裸子植物通过胚珠珠孔处分泌液滴捕获花粉，进而在珠孔下的花粉室萌发出花粉管受精，裸子植物通过心皮组成的雌蕊柱头捕获花粉，花粉在柱头上萌发出花粉管，花粉管进入花柱到达子房胚珠进行受精；裸子植物大多数种类的受精是只有卵细胞受精的单受精，被子植物的受精是胚囊卵细胞和中央细胞（极核细胞）都受精的双受精。胚和胚乳发育方面：裸子植物多数种类，由于同一胚珠常有2至多个颈卵器受精或1胚在发育早期发生而产生多胚现象，前者为假多胚，后者为裂生多胚现象，被子植物多数种类不具多胚现象，有多胚现象的原因主要是珠心、珠被的无融合生殖或体细胞发生的原因；裸子植物受精卵一般不经过休眠即进行发育，多数种类经过最初的游离多核期，裸子植物受精卵一般经过一段时间的休眠后才分裂发育，不经过游离多核期；裸子植物胚具2至多数子叶，被子植物具1或2枚子叶。裸子植物胚乳是除受精卵或颈卵器外的整个雌配子体细胞发育来的单倍体（内）胚乳，一般没有珠心发育的外胚乳，被子植物的胚乳通常具胚囊受精极核或受精中央细胞发育来的三倍体和五倍体（内）胚乳，少数种类同时还具有珠心组织发育的二倍体外胚乳，或仅具有外胚乳；裸子植物胚珠不经过受精，仍由雌配子体发育成胚乳，形成饱满的种子，被子植物胚珠通常经过受精才继续发育成饱满种子，但兰科、川苔草科和菱科等类群植物具有在受精后，受精极核不分裂不久即退化而无极核胚乳发育现象。