用选择培养基分离微生物的方法可以归纳为：一个中心,两项原则,四种途径.　　一、一个中心　　每种微生物的生长都需要适宜的环境.分离出特定微生物,就是利用某种特定的物理、化学或生物环境让该微生物能生长,而其他微生物的生长被抑制或阻止.因此,利用选择性培养基分离特定微生物,其中心应围绕：允许某种特定微生物生长,抑制或阻止其他微生物生长.　　二、两项原则　　1.投其所好：所需的分离对象对某种营养物有一特殊的“嗜好”,而其他微生物则不需要,甚至还可能很“讨厌”,如果在培养基中专门加入该营养物,就可使原先极少量的筛选对象很快在数量上接近或超过原试样中其他占优势的微生物,以达到富集或增殖分离对象的目的.　　2.取其所抗：所需的分离对象对某种抑菌物质具备特有的抗性,而其他微生物则没有这种能力,那么在培养基中加入这种抑菌剂,经过培养后,使得对抑制剂敏感的其他微生物生长受抑制,而具有抗性的特定对象则会大量增殖,从而达到分离特定微生物的目的.　　三、四种途径　　1.扣除某些营养物质.　　如培养基的营养成分中不含有蛋白胨、尿素、铵盐、硝酸盐等化合氮,形成缺氮培养基,但因空气中含有游离的N,则可以用于培养自生固氮菌（如圆褐固氮菌）；如培养基中不加葡萄糖、麦芽糖、淀粉等有机碳源,则可以培养以CO2为碳源的自养型微生物（如蓝细菌、硝化细菌等）.　　2.添加某些营养物质.　　如在培养基中加入一些特殊的碳源或氮源,可以分离出特定的微生物.如只加入纤维素（以纤维素为唯一碳源）可以富集、增殖能合成纤维素酶的微生物（纤维堆囊菌）；以石蜡油（或直接用原油）作为唯一碳源可以用来富集、增殖分解石油的微生物（芽孢杆菌属的Ptr15菌）；再如用甘露醇用来富集自生固氮菌,以及用较浓的糖液来富集酵母菌,等等.　　3.利用特殊理化环境.　　如分离出古细菌中的极端嗜热菌,就可以将培养基置于100℃左右的高温环境中；分离出厌氧型微生物（如乳酸菌）,则需要将培养基置于无氧环境中；分离出自养型微生物（如蓝细菌）,则需要充足的光照条件；分离极端嗜盐菌则可以将培养基的NaCl浓度配制成3～4mol/L；分离出比较耐酸的微生物（如红曲霉菌）,可以在培养基中加入一定量的醋酸或明矾水调节酸度,等等.　　4.加入抑制性物质.　　如加入放线菌酮可以将混合菌中的真菌去除,而能选择出一般的细菌；加入四环素、氯霉素等抗生素可以将混合菌中的细菌去除,而选择出酵母菌或霉菌等真菌；加入青霉素可以将混合菌中的真细菌去除,而选择出古细菌；加入胆汁酸可以筛选出肠道微生物、加入叠氮化钠（可以去除曲霉、加入山梨酸可以去除芽孢杆菌,等等.